Ну я вообще в конце каждого года делаю сверку со своими постоянными контрагентами, не считаю это лишним. А так, конечно, можно и не делать акт сверки. А письмо напишите в произвольной форме с указанием № платежек, в к-х были допущены ошибки, можно на фирменном бланке, с исх.№. 1 экз. оставьте себе. Передать можете лично или по почте заказным отправить.