Nika25, я думаю, что можете. Потому что прохождение границы только в Литве, больше никаких отметок в паспорте нигде никто не ставит. Границ в шенгене нет. И никак доказать были вы в Германии или где-то еще невозможно. Только, наверное, если на границе спросят куда едете и цель поездки, то говорить, что в Германию в командировку. (У нас самих служебные мультики с мужем, мы ездили летом в Хорватию, в Посольстве сказали, что можно по служебной. Проехали через Польшу, Германию, Австрию, Словению, Венгрию, Словакию. И только в Хорватии поставили штамп на выезд (нужна была отдельная хорватская виза). А по шенгену никого не волнует где ты ездишь)). У моего мужа польский шенген и он наоборот иногда заезжает в Германию.
Единственное, что может быть, это когда вы заполняли анкету на визу, то какую страну въезда в шенген указали. Если Литва, то мне кажется вообще нет никаких проблем.